山號鎮南山，由時任臺灣總督-兒玉源太郎發起， 是臺灣唯一官方冠以「護國」之名的寺院。 1900年籌建，1910年上樑，1911年落成，1912年啟用， 當時為日本臨濟宗妙心寺派在臺傳教的根本道場。 1998年，大雄寶殿、鐘樓門列為直轄市定古蹟。 2001年卸瓦展開修復工程，2007年上樑，2008年竣工。 2018年，新增古蹟22處， 為全臺保留日治時期木構建築最大型的佛寺。