主祀華嚴三聖（釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩），為明治時期聖像。東單供奉千手觀音、韋馱菩薩，西單為地藏菩薩、伽藍菩薩。本寺地藏菩薩手持拂塵，極具特色。　　　　　　　　　※古蹟內部不對外開放。

為一九六二年春改建，原址於現今彌陀殿。

一樓主祀娑婆三聖（釋迦牟尼佛、觀音菩薩、地藏菩薩），各有二位聖者隨侍在側，平日供信眾參拜。二樓主祀華嚴三聖，東西單為十八羅漢，僅於法會開放使用。

為大寮與僧寮，原址於現今大雄寶殿。

主祀西方三聖（阿彌陀佛、觀音菩薩、大勢至菩薩），兩側為極樂世界莊嚴圖。

日本江戶時期風格建築，屋簷筒瓦塑有「二字三星紋」，屬兒玉源太郎之家紋，為紀念其開基發起建造本寺。

目前大殿右側的梵鐘，原懸掛鐘樓內，於一九六○年遷移。此鐘四周鑄有四佛、四金剛菩薩，及開山祖師梅山玄秀所撰之鐘銘。

1918年進行擴建工程時發現，經考證為史前人類用來磨石器的用具。正面「無住生心」為白聖和尚於一九六三年春所題，背面刻有「大砥石沿革記略」碑文。

供奉歷任住持之牌位、靈骨舍利，以及日治時期保留至今的居士牌位。　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　　 ※目前不對外開放。

供奉先人骨灰及牌位處。

供奉先人骨灰及牌位處，位於萬靈塔上方。