本寺用地，原為板橋林家-林熊光居士購入，於1911年4月12日捐地贈與，供養本寺開山祖師-梅山玄秀整地建寺，沿用至今已歷百餘年。然而，一路走來並非順遂，期間幾經多次變故，重大事件歸納成三點，可謂臨濟護國禪寺之三大劫難！ 第一劫難：1945年，日本宣布投降而撤離臺灣，國民政府隨後遷移接管。當時民生凋零，軍隊所到之處，強占民宅、教堂、寺廟，本寺也不例外，大殿、禪房遭砲兵駐紮並飼養牲畜，環境雜亂無比。後來由白聖老和尚向政府及軍方交涉，花費金錢請部隊遷往他處，本寺始得逐漸恢復往日安寧與清靜。 第二劫難：1983年，政府鑒於雙北地區人口密集，須解決交通問題，提議設置兩條橫貫捷運路線。貫線新店往淡水行經圓山站（早期火車軌道），致使圓山地貌完全改變。本寺也因配合捷運建設，整個寺院位移轉向，日治時期木造大殿、禪房不堪人力移動，導致殘破不堪。原先將被全部拆除，經多位老和尚商議，把尚屬完好的大殿和鐘樓留下，其餘建築只能重建。 第三劫難：1995年，工務局為整頓中山一號公園，剷平園區內軍眷、民宅、違章等地上建築，本寺也名列其範圍中。本來北市府要發放房舍補償金，怪手機具也準備開進來，教界長老為此四處陳情，時任臺北市長的陳水扁先生大發慈悲，告知本寺為日治時期建物，可申請為歷史文物或古蹟，方能依法保存下來。

二戰時期，日本無條件投降，在日僧回國後，本寺被國軍強占，紮營架設高射砲；周遭環境作為海軍同德新村、陸軍砲指部官舍等軍事用地。原先圓山的日本陸軍墳墓遭受遷移，牌位被集中到本寺最高的八角亭。直到來自鼓山泉湧寺的盛滿法師住持，積極整頓寺容；加上白聖法師傳戒並訂立寺規制度後，本寺才得以恢復昔日道風。 日式大型佛殿在臺北原有善導寺、東和禪寺及本寺等，現今僅本寺尚存。1984年，配合市府拓建街道，北移大殿並轉換方向，以玉門街為出入口，大殿由坐北朝南改為坐東向西，此舉破壞舊山門進入正殿的軸線。 承蒙東海宜誠的緣故，日本臨濟宗妙心寺派依然與臺灣寺院延續交流。 1990年代，工務局將本寺土地納入圓山公園工程範圍內，地上與地下建物皆須拆遷，寺方向議員陳玉梅陳情。1996年9月6日，時任臺北市長的陳水扁，在議員陳玉梅、陳正德及民政局、工務局、都發局等官員陪同至本寺視察，即表示本寺部分建築有必要予以保存，隨即責成民政局邀請古蹟專家鑑定，向內政部提報本寺為古蹟，予以永久保存。

寺地所四分之一在戰後被登記為市有土地、四分之三為國有土地。早在1995年9月25日，因市府想以訴訟方式取得臨濟寺近一千坪的市有地作為兒童育樂中心使用，郭石吉、藍美津、陳錦祥、陳正德、李仁人等議員到現場會勘，作成結論是希望市府讓寺方租用目前使用的市有地。據議員林晉章指出，依據市有財產管理規則，市府不能隨意將公有財產出租，須將寺院認定為市級古蹟，並變更都市計劃，將公園用地變更為非公園用地後，再出售給非營利單位。 1998年3月17日，市政會議通過民政局提報的臨濟護國禪寺古蹟指定案。古蹟範圍包括大雄寶殿與山門，保存區則包括石板路、石砌台階、八角塔石台基、開山始祖墓以及門外大砥石。民政局指出後山的觀自在菩薩及地藏王菩薩塑像也是目前臺灣少見的塑像，而華藏殿一樓供奉著明治時期的三尊佛像，極具藝術研究價值。 1999年4月19日，民政局副局長鍾則良邀請學者會勘臨濟寺、芝山巖惠濟宮及士林慈諴宮，其中發現落成於1911年的臨濟寺鐘樓及大雄寶殿等木造結構，都有遭白蟻侵蝕的嚴重問題。文化局自2000年開始編列古蹟維護補助經費。2001年納莉颱風時，破壞更為嚴重，寺方委請日本匠師搶修鐘門樓，2001年12月22日舉行卸瓦法會，有龍應台、莊永明、薛琴、郭中端等人參加。整修木材以宜蘭的檜木為主，黑瓦片產自名古屋。修復耗資新台幣8575萬，其中文化局補助1085萬，其餘為寺方自行籌措，以及日本資助。2007年10月19日舉行上樑儀式，2008年8月27日舉辦大雄寶殿修復落成典禮。 2013年，文化局提出都市計畫變更，將寺地變更為古蹟保存用地，並經贈與後，寺方將不用再付租金。 從圓山捷運站就能看到一旁巍峨的臨濟寺建築群，地址是玉門街9號。其大雄寶殿與庫裡、山門等配置，可說是妙心寺的濃縮簡化版。寺匾為1963年由于右任題字。 1910年代落成時，其建置規模相當宏偉，其設置包括：大雄寶殿、豐川閣、華藏殿、山門等木造建築，和其他房舍、廚房等設施。雖建築在今日陸續被改建，但大雄寶殿和山門仍保有舊日外觀。中原大學建築研究所黃俊銘表示，在臺灣建築史上，恰好是臺灣木造建築技術轉至鋼筋混凝土造的時期，為非常重要且獨特的建築古蹟。 圓山遺址一塊表面積約五平方公尺、高一公尺的大砥石在1918年出土後，由宮原敦出資在它上頭蓋亭保護，直到1926年，捐贈台北市當局，置在此寺山門旁。臺北市文獻委員會曾計畫將此石與小砥石、風動石、與反經石列為古蹟。文獻委員會還鐫碑，說明大砥石歷史沿革。小砥石在寺內的小山坡側，側面有波紋浸蝕的痕跡，可旁證古時此地為大澤，上刻「南無阿彌陀佛」，石後有三位日本人的署名。 舊鐘樓山門與東和禪寺的鐘樓頗為相似，採歇山重簷式屋頂，屋簷瓦當裝飾著二字三心紋圖樣。 山門旁有石階可前往後山，拾級而上有石雕、石碑等，並通往開山祖師梅山玄秀法師等先人的萬靈塔位。寺方石雕保有台北四國八十八所靈場的番號：第18番藥師如來、第11番藥師如來、第12番虛空藏菩薩、第13番十一面觀音菩薩、第79番十一面觀音菩薩、第80番十一面千手觀音菩薩、第75番藥師如來、第78番阿彌陀如來等九尊。 大雄寶殿建築形式採日本伽藍的仿宋式禪寺格局，屋頂有一條正脊、四條垂脊和四條戧脊的歇山頂，其殿筒瓦刻上「鎮」字。李乾朗表示，全台最大日治時代木構建築本來是位於萬華區的西本願寺，但被無名火燒毀後，臨濟護國禪寺就後來居上，成為最大建築。殿內供奉釋迦牟尼佛、文殊菩薩、普賢菩薩。